上海CircRNA测序云序供
技术简介
环状RNA(circular RNA,circRNA)是新发现的一类新型非编码RNA分子,其在真核细胞中的大量存在颠覆了传统的线性RNA观点,成为近两年来RNA领域中迅速升起的一颗新星。环状RNA的表达具有**和疾病特异性,与**发育、疾病的发***展密切相关。此外,环状RNA不易降解,能在血浆、唾液等体液中稳定存在,可以作为新型疾病分子标志物。当前,科研人员对这一功能性分子仍知之甚少,可见对其展开***深入的研究势在必行,一场科研的竞赛已悄然开始!
云序生物提供的环状RNA测序服务,采用Cloudseq CircRNA Enrichment Kit,去除样本中的线性mRNA和rRNA,保留纯化后的环状RNA,因此测序获得的环状RNA有效数据量是其他测序服务供应商远远无法企及的,帮助客户以较低的成本检测到更多的环状RNA。此外,Cloudseq CircRNA Enrichment Kit覆盖几乎全部已知物种,对环状RNA的研究将不再局限于人、小鼠、大鼠等常见物种。
云序优势
适用于任何物种:
可以检测几乎任何动植物的环状RNA。
适用于降解样品:
可以检测部分降解的样品的环状RNA。
有效数据量高:
通过商业化kit富集环状RNA,极大地提高了有效数据比例。
性价比高:
能够以较低的成本检测更多的环状RNA。
一站式服务:
客户只需提供细胞、**、体液或总RNA,云序生物为您完成从样品准备、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程。
专业化的生物信息学分析:
云序生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析要求。
样本要求
样品类型:
**、细胞、体液或总RNA样品。其它类型样品请详询。
样品量:
a)细胞:2×107
b)**:100 mg
c)体液:全血、血清、血浆 2-3 ml
脑脊液:5 ml
尿液:50 ml
d)总RNA:2 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5 无明显降解,电泳检测样品特征性条带完整清晰,无明显弥散或拖尾 )
样品运输及保存:
样品运输:样品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰运输。
样品保存:细胞样品或新鲜**块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;血液样品应使用EDTA抗凝,不可用肝素;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。
数据分析
1、环状RNA的识别与注释
通过环状RNA高通量测序,采用严谨的生物信息分析学流程识别鉴定环状RNA,并根据他们在基因组上位置和数据库中来源进行注释。云序生物整合了来自文献、数据库的多个物种的环状RNAs,构成目前世界上较全的环状RNA数据库circDB,对环状RNA的来源进行了注释,并展示了环状RNA与疾病的关系,以节省耗时的文献查找和阅读。
2、差异环状RNA的筛选
按照预设的筛选标准(Fold Change≥2, P值≤ 0.05)筛选出差异表达的环状RNA。
注:Fold Change**差异倍数,P值**差异明显,筛选中采用的倍数变化会根据具体数据情况进行调整
3、差异环状RNA的聚类
4、差异环状RNA的来源基因的GO和信号通路分析
对差异环状RNA的来源基因进行功能和信号通路富集分析,以便推断环状RNA的功能。
5、环状RNA-miRNA相互作用网络
通过环状RNA-miRNA相互作用网络分析,可以帮助解析作为miRNA海绵发挥作用的环状RNA的功能以及作用机制。
6、环状RNA的可视化
图形化展示了环状RNA在基因组中的分布,以及与之相应的线性RNA的位置关系。
案例解析
案例1:环状RNA具有miRNA海绵功能
原文:Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency
期刊:Nature 影响因子:41.58
本文通过环状RNA测序在人和线虫中发现了大量环状RNA,其中环状RNA CDR1as在人和小鼠中是保守的;此外,通过生物信息学分析。在CDR1as序列上找到了大量miR-7结合位点,进一步的功能实验表明:CDR1as通过作为miRNA海绵吸附miR-7,在斑马鱼脑发育中发挥重要的调控作用。
图1. 人类细胞系和线虫中检测到的环状RNA的数目和类别
图2. CDR1as在不同物种中具有保守的miR-7结合位点
案例2:环状RNA功能具有结合调控蛋白功能
原文:Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency
期刊:Nature 影响因子:41.58
已有证据表明:CircRNA还可以通过结合蛋白分子,影响蛋白的定位和功能来发挥调控作用。CircRNA可以作为支架分子与多种蛋白结合;还可以通过序列互补与靶RNA/DNA结合,进而招募蛋白分子形成多分子复合物。
图3. CDR1as可以与AGO蛋白结合
案例3:人类**环状RNA表达谱研究
原文:CIRI: an efficient and unbiased algorithm for de novo circular RNA identification
期刊:Genome Biology 影响因子:13.21
本文通过环状RNA测序和严谨的生物信息学分析,在15种人类细胞系中鉴定出了近10万种环状RNA,其中绝大多数是新发现的。这些环状RNA的表达呈现出很强的细胞特异性,并在不同类型的**中表现出极大的表达差异。此外,相对于线性RNA,环状RNA更加稳定。这些现象都表明:环状RNA具有作为新型**标志物的潜力。
图4. 不同类型环状RNA在不同细胞系中所占的比例
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